1.海洋二氧化碳生物地球化循环模式的研究 1993-1995
2.中国科学院“九×五” 重点项目：低层大气臭氧（氧化容量）变化及其对环境的影响 1998-2000
3.中科院“引进国外杰出人才” 项目（百人计划）：全球环境变化-碳循环研究 2001-2004
4.中科院知识创新工程重大项目“中国陆地和近海碳循环研究”课题：近海生态系统碳循环模型研究 2001-2005
5.国家自然科学基金面上项目：北太平人为二氧化碳的海气通量的模式研究 2002-2002
6.国家自然科学基金重点项目：全球碳循环对气候变化影响的模拟研究 2008-2011
7.院创新重要方向性项目:IAP海洋模式改进及与大气和海洋生化过程的耦合研究 2007-2010
8.院创新重要方向性项目:IAP海洋模式改进及与大气和海洋生化过程的耦合研究 2007-2010
9.中国科学院知识创新工程方向性项目：“ 北京地区光化学烟雾形成与演化机理及其控制实验预研究”（子课题：大气光化学烟雾过程的烟雾箱实验研究）
10.中国科学院知识创新工程方向性项目“区域大气氧化剂、霾的形成机制与复合效应”
11.中科院知识创新工程重大项目“中国陆地和近海生态系统碳收支研究”第16课题“近海生态系统碳循环模型研究”
12.863课题：地球系统模式中的高效并行算法研究与并行耦合器研制(子课题：FGOALS_g中海洋和大气碳循环的模拟)，2010-2012
13.国家自然科学基金：氯化钠气溶胶对单环芳香烃光氧化的影响 2012-2014
14.国家自然科学基金：太平洋海气碳通量年际变化 2012-2014
15.中国科学院战略性先导科技专项（B类）大气灰霾追因与控制—专项项目：灰霾追因模拟—课题—子课题：典型植物排放挥发性有机物在近实际大气条件下形成二次细粒子的研究 2012-2017
16.国家自然科学基金（面上）：二次有机气溶胶在颗粒物表面的形成机制及其光学特性 2014-2017